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标题: 求助Hardy-Weinberg检验~~ [打印本页]

作者: shiyiming 时间: 2008-5-29 22:04
标题: 求助Hardy-Weinberg检验~~
现在已经有了下面的列联表（table1.sas7dbat）：
AA AB BB
Case X1 X2 X3
Control Y1 Y2 Y3

想生成如下的新表（table2.sas7bdat）：
AA AB BB
Case X1 X2 X3
Control Y1 Y2 Y3
ALL X1+Y1 X2+Y2 X3+Y3

然后对ALL那行进行Hardy-Weinberg检验,得到下面的表（table3.sas7bdat）：
AA AB BB
All X1+Y1 X2+Y2 X3+Y3
Expected E1 E2 E3

Expected那行的计算过程是：

T=X1+Y1+X2+Y2+X3+Y3
AA%=(X1+Y1)/T
AB%=(X2+Y2)/T
BB%=(X3+Y3)/T

p=A%=AA% +1/2*AB%
q=B%=BB% +1/2*AB%

E1=T* p*p：
E2=T*2 p*q
E3=T* q*q

就是不知道该怎么用程序代码求得E1、E2、E3并且生成后两个列联表呀？焦头烂额。。。求助高手了呀！！！先谢谢！！！

作者: shiyiming 时间: 2008-6-4 19:47
标题: Re: 求助Hardy-Weinberg检验~~
HW尽量不要用SAS来做，有很多专门的遗传学分析软件，很方便的。等位基因少的就可以用卡方检验，但是这个卡方的期望频率并不是我们统计学上的那个，使用基因频率算出来的，因此一般统计学上的卡方在这里不适用！如果等位基因多的话，算法更复杂，用sas来处理很麻烦的，可是用群体遗传学的软件来计算相当方便的，你只要把数据的录入文件做好就是了！这里给你介绍几个方便的可以利用的地方。如果是等位基因少的话，建议到这里http://ihg2.helmholtz-muenchen.de/cgi-bin/hw/hwa1.pl
如果等位基因很多的话，有的基因频率很低，导致普通的卡方不适用，建议用genepop。当然还有很多FSTAT，Aliquin，STRUCTURE等。
个人认为如果是遗传统计的话，一般人还是用专门的遗传学分析软件来的更快一些！SAS太复杂，短时间内很难实现复杂的遗传统计。

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